1859（安政6）年、江戸。土方は道場破りに明け暮れていた。ある日土方は試衛館（しえいかん）という道場を訪れる。　　試衛館こそ後に新撰組局長となる近藤勇（こんどうい さみ）が道場主を務める道場であった。　　近藤と戦った土方はその圧倒的な強さに完敗。その強さを超えるべく、土方は試衛館に入門することとなる。　　数年後、近藤をはじめとする試衛館のメンバーは、将軍警護のためという名目で結成された浪士組に応募、　　その一員として京都にいた。当時の京は、日本全国から、様々な背景や意図を持った人物たちが集まり、　　佐幕派、攘夷派、倒幕派が入り乱れ、暗殺や陰謀、政治の駆け引きが絶え間なく繰り広げられる異形の都市となっていた。　　その後、芹沢鴨（せりざわかも）のグループと幕府を倒そうと活動する攘夷派志士を取り締まる壬生浪士組を結成。　　壬生浪士組は芹沢と近藤が局長、土方と山南、芹沢派の新見錦が副長となったが、次第に試衛館派と芹沢派の　　主導権争いが深まっていき、たびたび衝突が起こり激しく争っていく。